Podemos diferenciar los quesos nacionales en el tipo de leche usada para hacerlos
Vaca: producidos principalmente en zonas de verdes pastos como Galicia, Asturias y Cantabria. En general son suaves y cremosos y destacan algunos como el Queso de Tetilla, el San Simón da Costa o el Afuega’l Pitu, los tres con DOP. En Baleares encontramos el queso Mahón artesano, más curado y picante que los anteriores.
Oveja: propios de zonas más secas como País Vasco, Navarra, Castilla y León, Castilla La Mancha y Extremadura, ya que las ovejas necesitan menos pasto. Las razas latxa, manchega y churra son las más frecuentes, aunque últimamente se ha introducido la raza assaf de origen israleí. El queso de oveja suele ser más aromático, ácido y salado que el queso de vaca y contiene más proteínas y vitaminas. Se caracterizan por su color amarillento. Pueden ser tiernos, semicurados, curados o añejos. Quesos de oveja destacados y con Denominación de Origen son el Idiazábal, el Roncal, el Manchego o la Torta del Casar. Otro queso de oveja destacado es el queso Tronchón, elaborado en Castellón.
Cabra: típicos de Andalucía, Levante y Canarias. Los quesos de cabra suelen tener un sabor más fuerte y ácido y destacan por su color blanco. Son más digestivos que los quesos de vaca y contienen menos calorías y grasas saturadas. Algunos quesos de cabra destacados son el queso Payoyo, elaborado en la Sierra de Grazalema gaditana, el Garrotxa o Montcabrer catalanes, o el Majorero canario.
Mezcla: En todo el territorio nacional se elaboran quesos de mezcla de las tres leches o de dos de ellas en diferentes proporciones. Algunos ejemplos son el queso de Cabrales o el queso Gamoneu de Asturias o el queso canario Herreño.
